El templo de San Pedro Mártir fue entregado a los frailes dominicos en el año 1575 y por aquel entonces recibía el nombre de Ermita de Santa Catalina, en honor a la actual calle San Pedro que en el siglo XVI aún llevaba el nombre de la santa. Fue en esta fecha cuando fue fundado el convento de los dominicos por Diego Fernández de Córdova y su esposa Ana Enríquez de Mendoza. Con el tiempo, el templo perdió su titularidad para pasar a llamarse iglesia de San Pedro Mártir, el santo dominico que actualmente da nombre a esta vía principal lucentina.

En 1599 se fundó en esta iglesia la Archicofradía de Nuestro Padre Jesús Nazareno. Y, además, fue en el mismo templo donde se encontraba en sus orígenes Nuestro Padre Jesús, aunque posteriormente pasaría a la capilla que llevaría el mismo nombre y donde ha permanecido la imagen hasta la actualidad junto a la Santa Mujer Verónica, Santa María Magdalena, San Juan Evangelista, Nuestra Señora del Socorro, el Santo Sepulcro, el Cristo Yacente y Nuestra Señora del Rosario. Esta Capilla contigua a la iglesia y perteneciente a ella comenzó a construirse en el año 1758 bajo la dirección de Vicente del Castillo y el patrocinio de Antonio Rafael de Mora Saavedra y se finalizó en 1802. Posteriormente, en 1844 y debido al mal estado en que se encontraba ya la Iglesia de San Pedro Mártir, Pedro Orellana amplió esta capilla para poder celebrar allí los cultos.