Al menos cinco causas esperan a Aitzol Iriondo ante la Audiencia Nacional. Entre las imputaciones que pesan sobre el fugaz jefe militar de ETA destaca el asesinato de un teniente de alcalde de Lasarte (Guipúzcoa) Froilán Elespe (PSE) en el año 2001. A su lugarteniente, Aitor Artetxe, se le imputa entre otras causas, la colocación del coche-bomba en la casa-cuartel de Legutiano (Álava) que acabó en mayo de 2008 con la vida del guardia civil Juan Manuel Piñuel.

Además de imputarle la muerte de Elespe, el juez Santiago Pedraz también atribuye a Iriondo la colocación de un potente coche-bomba en la Delegación de Defensa de Logroño en septiembre del pasado año que no llevó a explotar a consecuencia de un fallo en el cordón detonante. El juez Ismael Moreno tiene abierta contra Iriondo una causa por delitos de pertenencia a banda armada, depósito de explosivos y falsificación de documentos por su integración en los comandos legales armados 'Ontza' y 'Zelatun'. 

Por último, Baltasar Garzón investiga al presunto jefe militar en dos causas: por colaborar con Iker Aguirre Bernadal --detenido en enero de 2007 en un tren procedente de la localidad francesa de Perpiñán-- en acciones cometidas desde Francia, y por transportar desde Francia más de 370 kilos de explosivos que fueron ocultados por los miembros del 'Comando Vizcaya'. La Audiencia no le investiga por el asesinato de los guardias civiles Fernando Trapero y Raúl Centeno cometido en diciembre de 2007 en la localidad francesa de Capbreton ya que la investigación sobre este atentado depende de las autoridades francesas.

También Garzón es el que investiga al lugarteniente de Iriondo, por los atentados perpetrados contra la casa-cuartel de Durango (Vizcaya) en agosto de 2007 y la de Legutiano, donde en mayo de este año murió el agente de la Benemérita Juan Manuel Piñuel. Además, juez Pedraz acusa a Artetxe de la colocación de una furgoneta-bomba ese mismo mes en el Club Marítimo de la localidad vizcaína de Getxo junto al detenido Arkaitz Goikoetxea.

La Fiscalía de la Audiencia Nacional ya ha librado las correspondientes Ordenes Europeas de Detención Europeas (OED) dirigidas a las autoridades francesas con objeto de reclamar la entrega de estos dos detenidos. No obstante, el tercero de los arrestados, Eneko Zarabeita, no tiene por el momento ninguna causa pendiente en España por lo que, de momento. el Ministerio Público no podrá pedir su extradición.