La provincia de Córdoba ha visto incrementado su servicio hospitalario público durante los últimos 40 años con la dotación de nuevos centros más cercanos y con una respuesta más rápida para los ciudadanos. Hasta cinco en los municipios, al que se suma el Hospital Universitario Reina Sofía –de carácter regional– en la capital. El centro capitalino lo gestiona el Servicio Andaluz de Salud (SAS), al igual que gestiona los hospitales comarcales de Cabra y del Valle de Los Pedroches (en Pozoblanco). Mientras que la Agencia Sanitaria Alto Guadalquivir gestiona el comarcal de Montilla y los de alta resolución de Puente Genil y del Valle del Guadiato (en Peñarroya-Pueblonuevo).

El 26 de febrero de 1975, el Ayuntamiento de Cabra solicitó al entonces ministro de Trabajo, Licinio de la Fuente, la construcción de un hospital en la localidad, cediendo los terrenos. Una vez aceptado dicho requerimiento, las obras comenzaron en 1976, pero quedaron paralizadas un tiempo por quiebra de la empresa constructora. El 25 de junio de 1982 se inauguró oficialmente el hospital con la presencia de la Infanta Margarita de Borbón, hermana del rey Juan Carlos I, cuyo nombre lleva en su honor.

Dentro del Sistema Sanitario Público de Andalucía, el Infanta Margarita está catalogado como hospital comarcal y cubre la atención médica especializada del Distrito Sanitario Sur de Córdoba, que comprende los municipios de Baena, Cabra, Lucena, Priego, Benamejí, Iznájar, Rute y Doña Mencía. Es el segundo hospital más grande de la provincia de Córdoba, tras el Reina Sofía, y en cuanto a sus unidades de gestión clínica incluye las de Aparato locomotor y Rehabilitación (intercentros e internivel), Radiodiagnóstico, Salud mental, Traumatología, Urología, Bloque quirúrgico, Cirugía y Dermatología, Cuidados intensivos y Urgencias hospitalarias, Farmacia hospitalaria, Ginecología y obstetricia, Laboratorio, Medicina interna, Pediatría y Neonatología.

La apertura del Hospital Valle de los Pedroches el 9 de julio de 1985 supuso un hito en el norte de la provincia de Córdoba, ya que por primera vez la asistencia sanitaria especializada en esa comarca y en la del Valle del Guadiato se prestaba fuera de la capital cordobesa. El hospital se acercó, de esta manera, a unos municipios tradicionalmente aislados y con muchas dificultades de comunicación. El hospital, que ofrece cobertura a 25 localidades del Norte de la provincia (con unos 80.000 habitantes), se incorporó en 1996 al Área de Gestión Sanitaria Norte de Córdoba, que integró en un mismo órgano de gestión los servicios hospitalarios y los del Distrito de Atención Primaria Valle de los Pedroches y Peñarroya-Pueblonuevo.

Desde su inauguración hasta la actualidad han sido diversas las renovaciones y ampliaciones que se han llevado a cabo en las diferentes dependencias y servicios, destacando entre ellas la ampliación y reforma de Urgencias en el 2000; la digitalización de Análisis Clínico, una nueva Unidad de Hemodiálisis y la renovación del Área Quirúrgica y Partos en 2007; y en 2008, la digitalización de Radiodiagnóstico y el nuevo edificio de Consultas Externas, Servicio de Atención a la Ciudadanía, Dirección Asistencial y, ampliación y renovación de Laboratorio y Anatomía Patológica. Igualmente, en los años 2009 y 2010, se llevó a cabo la reforma de la zona de redistribución central de las plantas de hospitalización, la nueva ala de Maternidad en la tercera planta y nueva cafetería. En 2011, se ejecutó la ampliación del Hospital de Día y la modernización del Quirúrgico de Corta Estancia.

El Hospital de Montilla fue inaugurado el 24 de febrero de 2004. Es el segundo de los hospitales que se le adscribió a la Empresa Pública Hospital Alto Guadalquivir, actual Agencia Sanitaria Alto Guadalquivir. Da cobertura sanitaria a unos 63.000 habitantes de la comarca. Los municipios de los que es área de referencia son Aguilar de la Frontera, Fernán Núñez, Montalbán, Montemayor, Montilla y La Rambla. La plantilla del Hospital de Montilla está compuesta por alrededor de 480 trabajadores, entre personal sanitario y no sanitario. La media de edad de la totalidad de la plantilla es de 43 años. La cartera de especialidades médicas del Hospital de Montilla incluye Análisis Clínicos, Anatomía Patológica, Anestesiología y Reanimación, Aparato Digestivo, Cardiología, Cirugía General, Dermatología, Farmacia Hospitalaria, Hematología y Hemoterapia, Traumatología y Cirugía Ortopédica, Medicina Intensiva, Medicina Interna, Medicina Preventiva, Neumología, Obstetricia y Ginecología, Oftalmología, Otorrinolaringología, Pediatría, Radiodiagnóstico, Rehabilitación y Fisioterapia, Urología Cuidados Críticos y Urgencias.

El Hospital de Alta Resolución de Puente Genil fue inaugurado el 25 de octubre de 2006. Es el cuarto de los hospitales que se le adscribió a la Empresa Pública Hospital Alto Guadalquivir, actual Agencia Sanitaria Puente Genil, da cobertura sanitaria a los aproximadamente 30.000 habitantes de esa localidad de la Campiña Sur que le da nombre. La plantilla del Hospital de Alta Resolución de Puente Genil está compuesta por alrededor de 190 trabajadores, entre personal sanitario y no sanitario. La media de edad de la totalidad de la plantilla es de 42 años. La cartera de especialidades médicas del Hospital de Alta Resolución de Puente Genil incluye Medicina Interna, Análisis Clínicos, Anestesia y Reanimación, Aparato Digestivo, Cardiología, Cirugía General y Digestiva, Dermatología, Neumología, Ginecología, Oftalmología, Otorrinolaringología, Radiodiagnóstico, Rehabilitación y Fisioterapia, Traumatología y Cirugía Ortopédica, Urología, Hematología y Hemoterapia, Cuidados Críticos y Urgencias

El Hospital de Alta Resolución Valle del Guadiato fue inaugurado el 16 de enero de 2009. Es el sexto de los hospitales que se le adscribió a la Empresa Pública Hospital Alto Guadalquivir, actual Agencia Sanitaria Alto Guadalquivir. Ubicado en la localidad de Peñarroya-Pueblonuevo, de la capital y da cobertura sanitaria a unos 24.000 habitantes de Peñarroya-Pueblonuevo, Belmez, Blázquez, Espiel, Fuente Obejuna, La Granjuela, Valsequillo y Villanueva del Rey. La cartera de especialidades médicas del Hospital de Alta Resolución de Valle del Guadiato incluye Medicina Interna, Análisis Clínicos, Anestesia y Reanimación, Aparato Digestivo, Cardiología, Cirugía General y Digestiva, Dermatología, Neumología, Ginecología, Oftalmología, Otorrinolaringología, Radiodiagnóstico, Rehabilitación y Fisioterapia, Traumatología y Cirugía Ortopédica, Urología, Hematología y Hemoterapia y Cuidados Críticos y Urgencias. La plantilla del Valle del Guadiato está compuesta por alrededor de 148 trabajadores, entre personal sanitario y no sanitario. La media de edad de la totalidad de la plantilla es de 43 años.

A esta red hospitalaria se unirá a medio plazo los hospitales que la Junta pretende construir en Lucena y Palma del Río.