EL caballero veinticuatro de Córdoba y alférez real, Rodrigo de Ayora, hendía sus raíces familiares en un maestresala real, y en esta ciudad casó con Constanza Rodríguez de Rojas, que en 1466 parió a Gonzalo, destinado a ser cronista en la corte y creador de Ordenanzas Militares.

No se sabe con certeza con que edad marchó Gonzalo de Ayora a la universidad italiana de Pavía, donde según el profesor Fernández-Duro, adquirió "extensos conocimientos en filosofía, teología, historia y lenguas, especialmente en la del Lacio que llegó a usar con notable elegancia". Todo ello le procuró uno de sus primeros trabajos con el duque de Milán, donde, apunta el autor, estuvo Pedro Monte, notable estudioso de la milicia. Ambos compartieron amistad e investigación, aun después de marcharse Monte a Venecia y regresar el cordobés a España. Traía una "carta de recomendación" para la Reina firmada por el duque. Ya en 1501 aparece como cronista de ella, y en 1503 participa en la Guerra del Rosellón junto al duque de Alba, habiéndose ganado la total confianza de la Católica, y quejándose a la vez a la Corona del nulo entusiasmo del noble por sus estrategias militares. A su regreso los monarcas le confiaron la aduana de Córdoba, que acabó en manos de un hermano suyo llamado Juan.

Basándose en diferentes estudios sobre Ayora, se pregunta Fernández-Duro si logró emplearse a su llegada a la incipiente España, pues no se hallan noticias de él hasta el 2 de abril de 1501 en que se le nombra "cronista con ración y quitación en cada un año de 80.000 mrs., los 50.000 para él y los 30.000 para dos escribanos". Fue ratificado por la Reina Católica en 1504, el mismo año en que muere ésta en Medina del Campo.

La existencia del cordobés y su estabilidad económico-social sufre un revés al potenciarse la figura de Felipe El Hermoso, cuyos intereses se enfrentaban con la fidelidad de Ayora a Isabel I. Asegura Félix A. Ferrer García que "inicialmente" apoyó la causa del consorte de Juana, si bien le costó "la pérdida de confianza de Fernando El Católico, de tal modo que acabó perdiendo el cargo de capitán de su guardia. Fue este puesto el que subraya el nombre de Gonzalo en los anales del Ejército de dentro y fuera de la Península. Se gestó a partir del 7 de diciembre de 1472, cuando el rey Fernando sufrió un atentado en Barcelona. Había sido atacado por la espalda con un alfanje por Juan de Cañamares; un campesino del que se dijo tenía perturbadas sus facultades mentales y al que otros consideraron un patriota. Como consecuencia, se temió por la vida del rey y se aniquiló la del súbdito, tras ser curado de las primeras heridas para ser interrogado sobre sus razones. No lograron las torturas aplicadas a Cañamares despejar las dudas del Católico sobre un posible contubernio, pero le hicieron cuestionarse su seguridad y la necesidad de una guardia personal, militar, propia. Así, en 1502, se publican las conocidas ordenanzas de Fernando el Católico, que contemplan por primera vez las coronelías, cuya redacción se atribuye a Gonzalo de Ayora. Ya en 1504 y dictadas las ordenanzas, el rey crea la Guardia de Alabarderos, que incluyen la unidad conformada por varias compañías con la denominación de Colunela, cuyo mando se convertiría en coronel, atribuyéndose el término a la raíz latina que Gonzalo importa de su estancia en Italia. Hay quien opina, asimismo, que de esta estructura se benefició Gonzalo Fernández de Córdoba.

Volviendo a noviembre de 1504 y al fallecimiento de la Católica, los conflictos sociales que asolan al Estado preocupan al militar y cronista, que empieza a solidarizarse con las clases populares, llegando a denunciar en 1504 ante el Santo Oficio al mismísimo Diego Rodríguez Lucero, respaldando su voz otras cordobesas, escandalizadas ante los abusos y atropellos que aquel estaba llevando a cabo en esta ciudad. Esta rebelión que encabeza "coincide con su destierro de la corte" apunta Ferrer García, y el abandono de Córdoba en 1507 para trasladarse a Palencia. En aquella ciudad casa con Isabel Vázquez, cuyas virtudes transcribe así el mismo autor: "una doncella hyjadalgo de XXV años", 16 menos que él y a la que considera "muy dispuesta y de muy buenas costumbres, sola en casa de sus padres…y tiene razonable caudal, todo para ella".

Desde la cuna del Románico sigue criticando en sus escritos la peste, el hambre, la crisis y el derramamiento de sangre que sufren los españoles, y se marcha a Orán en 1509 encabezando la guerra contra los moriscos de Cisneros. Cercano a este cardenal es nombrado por él corregidor de León; en 1519 aparece en Ávila, donde fecha su Epílogo, para acabar en Valladolid. De esta época recogen los estudiosos interesantísimas citas de planteamientos eternos: "En España había y hay tres estados de gentes, los grandes, los medianos y el tercer miembro era el resto, de cuya industria y trabajo todos se mantenían".

En 1520, en plena revuelta comunera, se sitúa junto a éstos y ostenta varios cargos. En 1522 es víctima de la represión que se ejerce sobre ellos. Aunque logró la amnistía en 1527, la rechazó con la mayor dignidad y murió pobre en Portugal en 1538.