El arqueólogo de la Gerencia Municipal de Urbanismo (GMU) Juan Murillo ha responsabilizado a la construcción ilegal de la pérdida del territorio arqueológico de Córdoba, ya que en el año 1991 "los responsables de obras construyeron la nueva estación de ferrocarril AVE encima de restos arqueológicos" tras ocultar esta información a los ciudadanos. Murillo, que participó en los cursos de verano de la Universidad Pablo de Olavide (UPO) en Carmona (Sevilla), aseguró que en el año 1991 se produjo la destrucción del yacimiento arqueológico de Cercadilla, que ha sido interpretado como Palacio Imperial de Máximo Herculeo, para llevar a cabo la construcción de la nueva estación de ferrocarril de la ciudad cordobesa. En su opinión, este hecho "constituye sólo la punta del iceberg de un proceso acelerado de destrucción del yacimiento arqueológico que se venía produciendo desde los años 60, una destrucción, que por si fuera poco, no se tradujo, al menos, en un conocimiento del pasado". Al contrario, Murillo lamentó que la construcción de la nueva estación de ferrocarril "se llevó a cabo sin pensar en lo que puede suponer un yacimiento de ciertas características".

Además, el arqueólogo afirmó que desde el año 1956, "Córdoba sufre cambios", comenzando por la construcción del antiguo ferrocarril en el norte de la ciudad. Este hecho propició, según el arqueólogo, el cambio en la tendencia de la capital. Ejemplo de ello fue la construcción de extramuros en sus proximidades, la alineación de calles, edificación en espacios vacíos y la destrucción de las murallas que existían desde la época de Al-Ándalus. Asimismo, el arqueólogo cordobés puso de manifiesto que el califato omeya-cordobés comenzó a resentirse ya tras la llegada a Córdoba del rey Fernando III, en el año 1236. Según indicó, hasta este momento la ciudad no había cambiado y contaba ya con 2.500 hectáreas de territorio, debido en gran parte al desarrollo urbano "que propició la descomposición de la Córdoba árabe". Debido a estas destrucciones y a la desaparición inminente de todos los yacimientos de la Córdoba árabe y cristiana, el Ayuntamiento, la Universidad y la Consejería de Cultura firmaron el Plan General de Ordenación Urbana (PGOU) en 2001, que permite mantener intactos los yacimientos arqueológicos que forman el patrimonio cultural de Córdoba, declarada Patrimonio de la Humanidad desde el año 2000.