Cajasur no reflejó en su balance la depreciación de activos, particularmente inmobiliarios, hasta el final de 2009, momento en el que la entidad financiera pasó de dar unos beneficios discretos a unas pérdidas cercanas a los 596 millones de euros, lo que redujo el patrimonio neto de la entidad financiera de 184 a 68 millones de euros. Un informe remitido a la Comisión Nacional del Mercado de Valores explica que sólo el consejo de administración -cesado por el Banco de España y el Fondo de Reestructuración Ordenada Bancaria (FROB)- recibió información, y verbal, de que determinadas propiedades e inversiones de la caja tenían cada vez menos valor y que ello tenía un impacto en los resultados.

Según el acta del comité de auditoría, la interventora de la entidad -cesada por el consejo a instancias del Cabildo cuando no pudo conseguir la destitución del director general, Antonio Barral- explicó que a lo largo del ejercicio fiscal de 2009 no se estaban registrando las depreciaciones de activos relacionados con las activos inmobiliarios -tanto propios como de participadas-, dudosos subjetivos y subestándar (con riesgo de entrar en mora). El consejo de administración sí recibió información mensual de unos resultados que "eran menos malos" de la realidad que se vivía en la entidad. Los datos se aportaron también a las negociaciones para la fallida fusión con Unicaja.

El informe explica que se aguardó hasta el mes de diciembre, con el cierre contable, para incorporar todos esos problemas al balance. Una de las cuestiones que hay que reseñar es que todas las entidades financieras están obligadas a remitir sus cuentas a distintos órganos para garantizar que inversores y clientes cuenten con información suficiente. Dicha documentación se presenta mediante un avance semestral y con el cierre del año. En el caso de Cajasur, la tasación de los activos y los informes de riesgos no se realizaron hasta el último momento lo que, en puridad, permitió cerrar las cuentas con un informe de Deloitte afirmando que esos números respondían a la imagen real de la entidad. La depreciación de activos se realizó siguiendo los criterios del Banco de España y los que tradicionalmente usaba Cajasur, lo que implica que no se hizo de forma homogénea con Unicaja.

Las cuentas fueron aprobadas por todo el consejo de administración salvo por el representante de Aspromonte el 22 de marzo. José Leiva Cortés, representante del sindicato mayoritario, votó en contra y dijo, según el acta: "la plantilla está convencida de que no se ha actuado con la diligencia necesaria a la hora de interpretar los criterios contables de la normativa. Esa falta de diligencia, inconsciente o premeditada, ha arrojado unas cifras tremendamente perjudiciales para la imagen de la entidad, que pone en riesgo muchos puestos de trabajo". El director general, Antonio Barral, dijo que el cierre contable se había realizado con "diligencia exquisita" y que rechazaba "enérgicamente" las afirmaciones del consejero por Aspromonte.

El informe remitido por el departamento de Auditoría Interna de la entidad financiera constituye, en realidad, una defensa de que las instancias internas de la entidad financiera no realizaron ningún tipo de presión sobre los auditores de Deloitte para que diesen una opinión u otra sobre el contenido de las cuentas de la entidad financiera. Cajasur recibió salvedades -así se llaman los suspensos de los auditores- en las cuentas de 2004, 2008 y 2009 por su alta concentración de riesgo inmobiliario y, posteriormente, por los problemas derivados de la crisis en el negocio de la entidad financiera.