El Córdoba CF es un rival inabordable para el Algeciras, al menos cuando a los rojiblancos les toca pasar por El Arcángel. En siete ocasiones se han visto las caras ambos conjuntos en territorio blanquiverde y el balance es demoledor, con cinco victorias para el Córdoba y dos empates. Los del Campo de Gibraltar no visitan El Arcángel para medirse al primer equipo blanquiverde desde la temporada 2005-06, entonces también en Segunda División B, y han pasado por Córdoba en alguna ocasión desde entonces para vérselas con el filial cordobesista.

El histórico de enfrentamientos entre el Córdoba y el Algeciras se abrió en la campaña 1956-57. Ya el primer resultado marcó el camino de lo que vendría después, pues en aquel duelo el conjunto blanquiverde endosó un escandaloso 9-1 a los rojiblancos, en duelo de la Segunda División.

Ambos equipos tardarían más de 20 años en volver a verse las caras. Fue en la temporada 1980-81, con ambos en Segunda División B, en un duelo que deparó un empate a uno. A partir de ahí, el CCF encadenó cuatro triunfos ante el Algeciras, en las temporadas 85-86 (1-0), 90-91 (6-2 en Copa del Rey), 98-99 (2-1) y 2003-04 (2-0).

En la última visita del cuadro del Campo de Gibraltar a El Arcángel se produjo el segundo empate que reza en el histórico de enfrentamientos entre ambos equipos. Fue en la jornada 23 del curso 2005-06, cuando el Córdoba se adelantó con un tanto de Txiki, pero vio como Armada empataba antes del descanso.

En aquel conjunto blanquiverde figuraban ídolos del cordobesismo como Javi Moreno, Pablo Villa o Pierini. Además, un joven Javi Flores empezaba su andadura en el primer equipo después de destacar en las categorías inferiores.

Desde entonces, el Algeciras ha regresado en una ocasión a Córdoba, pero para jugar con el filial blanquiverde. Fue en la temporada 2013-14 y ni siquiera con el segundo equipo cordobesista pudo el cuadro rojiblanco, que cayó derrotado por 2-0. Los números, por tanto, están del lado de los de Agné.