Juan Fernández de Córdoba y Zúñiga, hijo de Diego Fernández de Córdoba, quinto señor de Baena y tercer conde de Cabra, y de Francisca de Zúñiga y de la Cerda. El propio Papa Borgia lo nombró abad siendo niño, le concedieron el deanato de la Catedral cordobesa, con cuyas rentas y sus legítimas paterna y materna, reunió una considerable fortuna. Vivió con ostentación impropia de su puesto. Fue deán y canónigo, abad y señor de la villa de Rute y Zambra. Un arquetípico representante de ese clero mundano que pobló la Europa del Renacimiento. Vivía en un palacio en que moraban su amante, sus muchos hijos bastardos, sus criados y esclavos entre espectaculares tapices, cientos de libros y objetos exóticos del Nuevo Mundo. El suntuoso palacio del deán y fincas adyacentes abarcaban una gran extensión. Hoy día en ese solar se ubica la iglesia del Salvador y la de la Compañía, las Reales escuelas Pías de la Inmaculada Concepción y algunas viviendas.

El deán llevaba una vida opulenta y licenciosa, inmerso en timbas de juego con apuestas exorbitadas, que le acarreó bastantes disgustos y algún serio contratiempo que pudo costarle la vida, como fue el de la quema de su palacio por los hijos y criados de su vecino Pedro de las Infantas, ofendido por la construcción en la casa del deán de una torre desde la que se divisaba el interior de la suya y por las insistentes solicitudes a sus castas hijas. Todo fue pasto de las llamas. Volvió a levantarlo, en 1551, aún con mayor magnificencia: el mismo que acabó por donar a los jesuitas para la fundación del futuro colegio de Santa Catalina, que pretendió elevar a universidad a mediados del siglo XVI, y una iglesia que se labró después.

Entre sus incontables mancebas, la preferida fue Beatriz Mejía. Había logrado cautivar la atención de esta hermosa joven, perteneciente también a una noble y honrada familia. Seducida por los halagos y ofrecimientos, un día a la salida de la iglesia, abandonó su casa y se marchó a la del deán. La familia tras buscarla infructuosamente, conoció que había acogido en su casa a la bella Beatriz. Inútilmente pidieron hablar con ella, pero supuestamente había dado órdenes de no querer saber de ellos. En 1555 Beatriz Mejía vivía en Rute en una casa propiedad del deán y mantenida por él. Le cedió de por vida en usufructo un horno nuevo en esta localidad y las casas en que vivía. Llevaría los frutos y rentas de sus posesiones y, posteriormente, los heredaría su hijo. Y además de esto, mandó que le dieran en cada año de su vida cuarenta fanegas de trigo de sus tierras. Pero como se refiere en los Casos raros de Córdoba, su vida no era tan placentera como contaría su "carcelero", ya que a la gente le extrañaba no verla nunca. Encerrada en su habitación, no era dueña ni de pasear por la casa a solas, puesto que el deán era el dueño de la llave; durante diez años estuvo cautiva y dio a luz cuatro hijos.

En este tiempo predicaba con frecuencia San Juan de Ávila y un día en que todos los de la casa iban a oírle, llamó desde la ventana a uno de los criados, rogándole hiciera por facilitarle el ir a la iglesia, prometiéndole volverse antes que su amo. Se marchó a la catedral y, al terminar la homilía, entró en la sacristía arrojándose a sus pies, anegada en lágrimas de arrepentimiento, jurándole apartarse para siempre de la vida pasada y terminarla bajo su dirección caritativa. San Juan de Ávila la acompañó hasta la casa de Teresa Narváez, siendo esta su protectora.

Cuando el deán volvió a su casa y abrió la habitación, se encontró burlado y registró hasta el último departamento, lleno de coraje. Al fin supo lo ocurrido y con sus criados y otros hombres se dirigió a casa de Teresa. Ésta avisó al Maestro Ávila, quien puso en conocimiento del Corregidor cuanto ocurría, presentándose en la casa. Aquella noche salieron de Córdoba el Doctor de la Iglesia -proclamado en octubre de 2012- y la joven, a quienes el corregidor acompañó hasta dos leguas de la ciudad. Llegados a Montilla, la marquesa de Priego se hizo cargo de la joven, desoyendo las súplicas del deán, quien, como su pariente, le rogó que se la entregase. Desde allí pasó a Granada y, por último, curada por completo, volvió a Córdoba, donde vivió honradamente junto a sus cuatro hijos. El deán, aunque jamás pudo ver a su fugitiva, dio las dotes para sus hijos. Para la primogénita de sus hijas, Leonor Fernández de Córdoba, logró un buen matrimonio con un primo, heredero del mayorazgo de la rama segunda de los señores de Luque, Martín Fernández Venegas. Otras dos hijas -Bárbara y Juana de Córdoba- profesaron en el convento de Santa Inés. El primogénito, Juan Fernández de Córdoba, heredó el sustancioso mayorazgo fundado por su padre y se casó con Antonia de Bernuy Barba, hija segunda del señor de Benamejí.

De este famoso personaje, que tenía correspondencia con santos y humanistas, se ha dicho que fundó en Córdoba la casa-cuna, la casa del Agua frente a la Catedral, arrepentido, para recoger en ella los numerosos hijos que tenía extraviados, pensando que aquellas obras de caridad lavarían todas las manchas que en su conciencia echaron sus juveniles extravíos.