Aunque el ambiente juega un papel esencial en el desarrollo, pronóstico y evolución de las enfermedades periodontales, en el caso de la periodontitis existe un alto componente genético. "La heredabilidad es aproximadamente de un 50% en esta enfermedad, que es bastante más que la del cáncer de mama o colon", afirma el Dr. Ángel Carracedo, director de la Fundación Pública Gallega de Medicina Genómica y que ha participado en SEPA Valencia. La heredabilidad es la proporción de la variación de caracteres biológicos en una población que es atribuible a la variación genotípica entre individuos; esta variación entre individuos se puede deber a factores genéticos y/o ambientales. Teniendo en cuenta este concepto, el doctor Carracedo asegura que "la heredabilidad de la periodontitis es superior a la de cualquier cáncer".

Aunque hay formas mendelianas de enfermedad periodontal que son producto mutaciones de genes individuales, la periodontitis es, en general, una enfermedad compleja, con múltiples genes involucrados que interaccionan entre ellos y el ambiente.

La localización de genes de formas mendelianas sindrómicas se realiza mediante estudios de ligamiento, y la secuenciación de nueva generación está facilitando mucho su investigación y diagnóstico. Cuando son muchos los genes involucrados, como sucede en el caso de la periodontitis, los estudios de asociación de genomas completos (GWAS) son los más indicados. Se han realizado numerosísimos estudios de asociación de genes candidatos para la periodontitis en los que las interleuquinas y el factor de necrosis tumoral alfa han sido las rutas más exploradas, pero hay pocos estudios GWAS en los que ya hayan aparecido algunas asociaciones significativas. En el caso de genes como NRC2 se está cerca de alcanzar una significancia estadística, que a su vez sea también clínica, abriendo nuevas vías para entender la patogénesis de este proceso.

PeriOgen es un estudio de asociación de genomas completos en población española utilizando fenotipos extremos de enfermedad periodontal (periodontitis agresiva) y en el que se empleará un microarray que está diseñado específicamente para este proyecto que contiene 825,000 SNP y que incluye 125,000 variantes funcionales de población española muchas de rutas de inflamación e inmunidad.