El Tribunal Constitucional (TC) ha reconocido a la Junta de Andalucía las competencias sobre la convocatoria de ayudas a la investigación en materias relacionadas con la Red de Parques Nacionales ubicados en la comunidad autónoma, lo que reconoce a la Administración autonómica "plenas competencias" en la gestión de los Parques de Doñana y Sierra Nevada. Según considera el TC en una sentencia, la Orden de 4 de octubre de 2002 del Ministerio de Medio Ambiente por la que se establecen las bases reguladoras de las ayudas a la investigación en materias relacionadas con la Red de Parques Nacionales y se convocan para el año 2002, impugnada por la Junta de Andalucía, es "contraria al orden constitucional de distribución de competencias" entre las administraciones estatal y autonómica en este caso.

La sentencia viene a reforzar que corresponde a Andalucía la competencia exclusiva en materia de espacios naturales protegidos en los términos previstos en el Estatuto de Autonomía para Andalucía.

Así, establece que siendo "plenamente ajustado" al orden constitucional de distribución de competencias que el Estado destine fondos para favorecer la aplicación de las previsiones del Plan Director de la Red de Parques Nacionales, dichos fondos "han de repartirse entre las comunidades según criterios objetivos y dejando a las mismas un margen para desarrollar sus competencias para concretar con mayor detalle la afectación o destino de las mismas, algo que "no ha sucedido en este caso en el que la convocatoria y resolución de las ayudas en cuestión se ha residenciado en un órgano estatal".